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根據培養基的用途來區分，可分為選擇培養基、增殖培養基、鑒別培養基等。

1）殺死或抑制不想要的植物生長培養基的選擇性培養基添加物質的介質，介質的選擇。如鏈霉素，氯霉素抑制原核微生物的生長；制霉菌素，灰黃霉素能抑制真核微生物的生長；結晶紫能抑制革蘭氏陽性細菌的生長。結晶紫能抑制革蘭氏陽性細菌的生長。

2）自然增殖培養基，不同種類的微生物往往生活在一起，為了將我們需要加一些特殊的微生物，在介質中的微生物對營養物質的愛，以增加該生物的繁殖率，并逐步消除其他微生物，這種介質稱為介質的擴散介質，用于篩選和選擇性富集。在某種程度上是一種選擇性培養基，增殖培養基。

3）一些試劑或化學介質的文化附加鑒別培養基，培養基表現出明顯的差異是很難區分的，從而幫助某些微生物的快速鑒定。這樣的媒體稱為分化培養基。例如，檢查水和乳制品中的腸道致病菌，伊紅美藍瓊脂的存在是一種歧視性的普通培養基。